Az animében több szervezet is szerepet kapot. Van amelyik fotnosabb és van amelyiknek munkássága csak a késöbiekben derül ki igazán.

ANBU

Az ANBU (’Sötét Oldal’) szó az Ansatsu Senjutsu Tokusu Butai (Speciális Orvgyilkos és Taktikai Egység’) rövidítése. Az ANBU tagjai porcelán állatmaszkokat viselnek, hogy megkülönböztessék magukat a hétköznapi ninjáktól és, hogy személyazonosságuk elfedjék. Szabvány egyenruhájuk fekete, páncélzatuk szürke. Ismertetőjelük még a karvédő és a spirális alakú tetoválás a karjukon. A legtöbb ANBU tag fekete csuklyát is hord az egyenruha fölött. Az egységek vezetőinek a csuklyája fehér színű.
Az ANBU feladata a falvak védelme a külső veszélyektől, nagyon veszélyes küldetések végrehajtása ellenséges területen és a különösen veszélyes ninják likvidálása. Ők felelősek ezeken felül még az olyan orvgyilkos és egyéb küldetésekért, melyekhez speciálisan képzett ninják szükségesek.

Gyökér

Az avarrejteki ANBU általában közvetlenül a hokage irányítása alatt áll, ám sok évvel a Naruto cselekményének kezdete előtt létezett egy ANBU Gyakorló Részleg, melyet Gyökér néven ismertek és amit Danzou állított fel és ellenőrzött. Mivel Danzou a háború híve, és ellenszegült a harmadik hokagénak, ezért a Gyökeret megszüntették, ám sok egykori tagja lojális maradt a Gyökérhez. Egyikük Sai.

Akatsuki

Az Akatsuki egy bűnözői szervezet.
A szervezet S-osztályú bűnözőkből áll, mindannyian "elveszett ninják".
Ők azok, akik elhagyták a falujukat egy nagyobb általuk okozott katasztrófa után. A legtöbb tag viseli a fejpántját, amin egy karcolás van. Szokványos uniformisuk a fekete kabát, amin vörös felhők vannak, ezen kívül mindegyik tagnak van egy egyedi gyűrűje, ami az Akatsuki ranglétráján elfoglalt helyüket szimbolizálja.