Az anim�ben t�bb szervezet is szerepet kapot. Van amelyik fotnosabb �s van amelyiknek munk�ss�ga csak a k�s�biekben der�l ki igaz�n.

ANBU

Az ANBU (’S�t�t Oldal’) sz� az Ansatsu Senjutsu Tokusu Butai (Speci�lis Orvgyilkos �s Taktikai Egys�g’) r�vid�t�se. Az ANBU tagjai porcel�n �llatmaszkokat viselnek, hogy megk�l�nb�ztess�k magukat a h�tk�znapi ninj�kt�l �s, hogy szem�lyazonoss�guk elfedj�k. Szabv�ny egyenruh�juk fekete, p�nc�lzatuk sz�rke. Ismertet�jel�k m�g a karv�d� �s a spir�lis alak� tetov�l�s a karjukon. A legt�bb ANBU tag fekete csukly�t is hord az egyenruha f�l�tt. Az egys�gek vezet�inek a csukly�ja feh�r sz�n�.
Az ANBU feladata a falvak v�delme a k�ls� vesz�lyekt�l, nagyon vesz�lyes k�ldet�sek v�grehajt�sa ellens�ges ter�leten �s a k�l�n�sen vesz�lyes ninj�k likvid�l�sa. �k felel�sek ezeken fel�l m�g az olyan orvgyilkos �s egy�b k�ldet�sek�rt, melyekhez speci�lisan k�pzett ninj�k sz�ks�gesek.

Gy�k�r

Az avarrejteki ANBU �ltal�ban k�zvetlen�l a hokage ir�ny�t�sa alatt �ll, �m sok �vvel a Naruto cselekm�ny�nek kezdete el�tt l�tezett egy ANBU Gyakorl� R�szleg, melyet Gy�k�r n�ven ismertek �s amit Danzou �ll�tott fel �s ellen�rz�tt. Mivel Danzou a h�bor� h�ve, �s ellenszeg�lt a harmadik hokag�nak, ez�rt a Gy�keret megsz�ntett�k, �m sok egykori tagja loj�lis maradt a Gy�k�rhez. Egyik�k Sai.

Akatsuki

Az Akatsuki egy b�n�z�i szervezet.
A szervezet S-oszt�ly� b�n�z�kb�l �ll, mindannyian "elveszett ninj�k".
�k azok, akik elhagyt�k a falujukat egy nagyobb �ltaluk okozott katasztr�fa ut�n. A legt�bb tag viseli a fejp�ntj�t, amin egy karcol�s van. Szokv�nyos uniformisuk a fekete kab�t, amin v�r�s felh�k vannak, ezen k�v�l mindegyik tagnak van egy egyedi gy�r�je, ami az Akatsuki rangl�tr�j�n elfoglalt hely�ket szimboliz�lja.