A Chakra egyszerűen elmagyarázva, az az energia, amit jutsu használatakor szabadítasz fel. Alapvetően ha ninjutsut, vagy genjutsu-t akarsz létrehozni, ahhoz keverni kell a chakrát (sejtekből gyűjtött testi energia) és a spirituális energiát (amit tapasztalatok során lehet szerezni). Majd egy helyes kézpecsétet mutatva a jutsu aktiválható. Ha a chakra aktiválódik akkor különböző technikákat és mozgásokat lehet alkalmazni. 

Normál chakra: 

Normál chakra. Ezt a fajtát láthatjuk a sorozat folyamán a legtöbbször. Színe kék. Ez a chakra egyfajta „első szintű chakra”. Használható egyszerűbb dolgokhoz, de ha egy magasabb szintű ninjutsu-t szeretnénk végrehajtani, nem árt ha sok van belőle.

Gyógyító chakra:
 

Ezt a módszert, orvosok szokták használni mint (Tsunade, Sakura, Shizune). Ez egy zöld színű chakra, ami úgy működik, hogy a használó chakrát koncentrál a kezébe, majd megérinti a sérült részt és elkezd begyógyulni. Egyenlőre csak ennyit lehet tudni. Létezik azonban egy speciális "gyógyítási" technika, amit Chiyo nagyi fejlesztett ki. Ez egy kék színű chakra, ami a saját életerejét a másik félbe helyezi át. Ez akkor lehet halálos, ha az említett másik fél meghalt, ugyanis így fel lehet éleszteni.

A kyuubi chakra:

A kyuubi chakrája egy speciális fajta chakra, amit csak Naruto és természetesen a Kyuubi maga használhat. Naruto tudja használni a démon róka chakráját, mivel a róka belé van pecsételve. Egy ideig Naruto-ból csak akkor „tört elő” ez a chakra ha az érzelmek eluralkodtak rajta, azonban késöbb Jiraya megtanította hogyan hívhatja elő, ha szükség van rá.

A chakra színe vörös. Ez egy nagyon erős chakra, aminek használatához magas szintű képzettség az egyik követelmény. Amikor Naruto felett nagyon eluralkodik a düh, akkor előfordulhat, hogy a pecsét meggyengül és a kyuubi fokozatosan „előtör” belőle.

Átok pecsét chakra:


Ez a chakra csak akkor használható, ha az illető rendelkezik az Orochimaru által „készített” átokpecséttel. Ha valaki megkapta a pecsétet, kb. 10%-os esélye van a túlélésre. Aki túléli az pedig nagy erőre tehet szert. Ez a chakra sötét lila, és akkor válik aktívvá, ha a felhasználó testén fekete alakzatok jelennek meg. A pecsétnek 2 fokozata van: 1. Az elöbb említett jelek a testen a 2. pedig az, amikor a jelek teljesen elborítják a használó testét, és „átalakul”. Ekkor a chakra szintje megnő, a jutsuk megváltoznak/erősödnek .

Chakra kapuk:
 

Ha megnyitjuk őket, akkor megszűnnek a szervezet korlátai (izom használat/chakra áramlás), és a felhasználó rendkívülien megerősödik. Bár a támadások majdnem gyilkos erejűek lesznek, a használó is sokat kockáztat vele. Ezt a chakrát Lee és Gai képesek használni a lótusz támadásokhoz. Ez egy halálos fajta chakra, amit fejlett(erős) taijutsut használó emberek remélhetőleg képesek elviselni, mivel egy idő után sérti az izmokat(elszakadnak az izmok). 8 chakra kaput lehet nyitni. A chakra színe zöld.