Történetünk Uzumaki Narutoról szól, akinek 12 évvel ezelőtt meghaltak a szülei, mikor a 9 farkú rókadémon megjelent. Az akkori Hokage, a 4., aki egyben főhősünk apja, fiába zárta a démont, ezzel megmentve a falut, viszont életét vesztette. Anyja már születésénél meghalt, így Naruto teljesen egyedül volt 12 éven keresztül. Ő a falu csínytevője, ráadásul mindenki fél tőle a démon miatt. A harmadik vizsgán is megbukik, ám egyik tanára elárul neki egy titkot, így Naruto ellopja az egyik tekercset a Hokage irodájából, és elmegy vele az erdőbe, hogy megtanulja. Ám tanára, Mizuki sensei átverte, a pecsét ő magának kell, és mikor a falu vezetősége erre rájön, már késő. Iruka megtalálja Narutot, mire Mizuki is odaér, és meg akarja ölni mindkettőjüket, de Iruka sensei megmenti Naruto életét, hisz mint kiderült, az ő szülei is korán meghaltak, és egyedül nevelkedett. Ám mikor Irukat végleg megölné Mizuki, Naruto eléugrik, és az újonnan tanult technikával, a Kage bunshin no jutsuval ellátja Mizuki baját, ezzel kiérdemelve Irukától a fejpántját, mely mutatja, hogy elvégezte az akadémiát. Innentől kezdve hősünk csapattársakat kap, egy lányt és egy fiút, valamint a mindig mindenhonnan elkéső mesterüket, és elkezdődik hármójuk shinobivá válása, valamint Naruto terve, hogy egy szép napon ő is Hokage lesz.